Años después de la lucha contra Sephiroth, una terrible enfermedad llamada Geostigma ha aparecido afectando a Denzel (un huerfano acogido por Tifa) y al propio Cloud. Mientras tanto, en el cráter del Norte unas misteriosas sombras han aparecido amenazando de nuevo al planeta. Cloud toma su espada de nuevo y lucha por conseguir el perdón que ansía.
